在理事会的正确领导下，学会业务工作领域不断扩大，学会秘书处人员队伍不断壮大，秘书处设秘书长1名，常务副秘书长1名，现有专职工作人员20名，平均年龄32岁，其中中共党员12名，高级工程师6名，硕士及以上学历9名。秘书处内部设立会员部、技术部和综合部等三个部门，各部门主要工作职责如下：
（一）会员部
负责会员代表大会、理事会、常务理事会会议筹备；负责会员的发展、管理和服务；负责分支机构管理及联系地方学会；负责组织生态环境青年科技奖等人才奖项评审；负责学会网站及公众号的开发、运行和管理；负责生态环境科普工作；负责编辑发行学术、科普等方面的出版物；负责举办相关展览展示、国内外合作交流及其他社会公益事业活动；负责行业信用等级评价工作；承办学会领导交办的其他工作。
负责开展学术交流，牵头组织召开学术年会、专题研讨会等学术活动；负责广东省环境保护科学技术奖等科技奖项评审；负责生态环境科技发展调查研究；负责科技成果评价鉴定及技术评估；负责标准化建设工作；负责生态环境专家智库的建设及管理，开展政策研究及科技咨询服务；负责学会科技服务站建设及管理工作；负责科技成果引进、推广和转移转化交易服务工作；负责行业技术能力等级评价工作；承办学会领导交办的其他工作。
（三）综合部
负责与省生态环境厅、省科协、省社会组织管理局的日常工作联络；负责学会的文秘档案工作，统一管理学会的印章，负责学会办公会议的安排；负责秘书处党工群建设工作；负责秘书处行政管理、财务管理、人事管理及后勤保障等工作；负责学会的宣传报道工作；承担广东省工程系列生态环境专业职称评审工作；负责组织开展人才继续教育及专业培训工作；负责生态环境保护领域科技人才专业资格国际互认工作；承办学会领导交办的其他工作。
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