中国科学院南海海洋研究所成立于1959年1月，是国立综合性海洋研究机构。2020年入选科技部创新人才培养示范基地，同年被中央文明委授予第六届“全国文明单位”荣誉称号。现拥有广州海珠、广州南沙和三亚崖城3个园区；1个国家重点实验室、5个院级重点实验室（中心）、4个省级重点实验室、2个联合开放实验室；7个临海野外台站（含3个国家级台站）、4艘大型“实验”系列科考船组成的科考船队和一个淡水码头；拥有海洋科学（A+）、环境科学与工程（A+）一级博士学位授予点和博士后流动站。
南海所面向国家重大战略需求，坚持“立足岛礁、深耕南海、跨越深蓝”使命定位，以生态安全与绿色发展、海-陆-气相互作用与环境安全、边缘海与大洋板块相互作用和岛礁工程环境保障为战略主题，重点研究热带海洋水圈－地圈－生物圈圈层结构及其相互作用特征与演变规律，探讨其对资源形成和环境变化的控制和影响，发展具有南海特色的热带海洋资源与环境过程理论体系和应用技术。
近60年来，南海所共取得科研成果近800项，获国家、中科院、部委和省市级成果奖260项，相关科技创新团队荣获中共中央授予的“模范集体”称号（2018年）。目前主持、承担中国科学院先导专项A、国家重点研发计划项目、国家科技基础资源调查专项、国家基金项目等300余项。
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