珠江水资源保护科学研究所隶属水利部珠江水利委员会水文水资源局，是具有独立法人资格的二类事业单位，主要从事流域水资源节约与保护、水生态治理与修复、水资源监督与管理技术支撑，以及水利行业技术咨询、环境保护技术咨询服务工作。科研所下设两个职能部门和战略规划室、生态室、节约与保护室、水资源室、环境工程室五个业务科室，全资拥有广州珠江水资源保护科技发展有限公司，授权管理红水河珍稀鱼类保育中心。
珠江水资源保护科学研究所依托珠江委平台优势、信息优势和技术优势，着力打造科技创新、技术支撑、社会服务平台，积极践行“生态优先，绿色发展”的理念，为珠江流域治理管理和高质量发展提供了强有力的技术支撑。
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