2001年1月，北京大学与深圳市人民政府签署《合作创办北京大学深圳校区协议书》，共同创办北京大学深圳研究生院。经过二十二年发展，深圳研究生院依托北大、立足深圳，逐步成为扎根深圳的北京大学研究型国际化校区，北京大学创建世界一流大学战略的重要组成部分。
秉承北京大学“爱国、进步、民主、科学”的光荣传统；“思想自由，兼容并包”的学术精神，“勤奋、严谨、求实、创新”的优良学风，融合深圳创新、创业，不断改革的城市文化，逐步形成了深研院的发展原则、办学方针、培养目标和发展理念。
现有信息工程学院、化学生物学与生物技术学院、环境与能源学院、城市规划与设计学院、新材料学院、汇丰商学院、国际法学院以及人文社会科学学院等八个学院，深耕基础研究原创性、应用研究引领性。学科方向涉及计算机科学与技术、电子科学与技术、化学、环境科学与工程、地理学、生态学、材料科学与工程、理论经济学、工商管理等九个一级学科。在“横跨计算机科学与技术、电子科学与技术的新一代信息技术；围绕肿瘤、心脑血管疾病以及重大神经系统疾病三大领域方向，以化学、生物学深度交叉融合的生命医药健康；经济-金融-管理学科集群；基于中国、推动法律和法律实务国际化研究的国际法律教育，致力于吸引国际专业人才、推动跨国合作以及树立国际法律教育新标准的跨国法律事务；以智慧-健康-生态城市建设、土地利用和管理等为中心的城市规划与区域发展；融合环境生态微生物组学-海洋生物能源-湾区宜居环境的绿色生态；围绕材料基因组学和材料大数据库的变革材料研究与方式开发的新材料等学科领域进行学科水平建设和学科布局建设。
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